No se sabe con precisión quién introdujo la vid en Borgoña. Se cree que ya existía en el siglo II. En 312, Eumene proporciona la primera descripción del viñedo beaunois. Gregorio de Tours describió en el siglo VI la côte couverte de vigne cerca de Dijon. La implantación del cristianismo propició la extensión de viñedo por los señoríos abaciales. En estos tiempos guerreros, las comunidades religiosas gozaban de una protección que les permitirá transmitir la experiencia de generación en generación. Así ocurrió con las abadías más importantes, esto es, abadía de Cluny para el mâconnais y el chalonnais y la abadía de Cîteaux con las plantaciones de Côte d’Or, chalonnais y chablisien. Desde alrededor del año 900 hasta la Revolución francesa, los viñedos de Borgoña pertenecieron a la Iglesia católica.

Es en este periodo cuando nacen los clos (viñedos). El clos de Bèze se fundó en 640, el clos de Vougeot en 1115 y el clos de Tart en 1140. A partir de 1128, los cistercienses de la abadía de Pontigny (la décima hija de Cîteaux) continuaron desarrollando el viñedo de Chablis. A lo largo de la Edad Media, los vinos figuraban en lugar destacado sobre la mesa de los señores. En la gran época del Ducado de Borgoña (siglos XIV y XV) se dictan las primeras normas protectoras de una cierta calidad en el vino. En 1395, Felipe II de Borgoña prohíbe el cultivo de la uva gamay en beneficio de la pinot noir en sus tierras, para mejorar así la calidad del vino. Es la primera norma de derecho alimentario del mundo, precursora de las denominaciones de origen (AOC) e que precede en bastante tiempo al Reinheitsgebot alemán que definió los ingredientes autorizados en la elaboración de la cerveza en Alemania.

Nicolás Rolin, canciller de Felipe el Bueno y su esposa Guigone de Salins decidieron crear un hospital para los pobres, eligiendo para ello la localidad de Beaune, lugar de paso que carecía de grandes fundaciones religiosas. Así nació, el 4 de agosto de 1443 el Hôtel-Dieu. Este Hospicio de Beaune resultó ser propietario de un dominio vitícola borgoñón gracias a las donaciones y las herencias de ricos señores borgoñones desde la Edad Media y a lo largo de los cinco siglos posteriores. La decadencia del Ducado de Borgoña coincide en el tiempo con las primeras casas de comercio de vino. En 1720, se lanzó la marca Champy.

Después de la Revolución, los viñedos estaba en quiebra y se vendieron a los trabajadores que los habían cuidado. Las leyes sucesorias dieron como resultado la continua subdivisión de los más preciosos viñedos, de manera que algunos cultivadores sólo eran propietarios de una fila o dos de vides. Esto llevó al surgimiento de négociants que sumaban el producto de muchos cultivadores para producir un solo vino. Esto llevó también a una profusión de pequeñas bodegas de propiedad familiar, ejemplificadas por la docena de la familia «Gros».

En 1874, la llegada de un insecto proveniente de América, la filoxera, dañó el viñedo. La filoxera fue descubierta por primera vez en Meursault el 17 de julio de 1878 en el lugar llamado l’Ormeau, después el 23 de julio del mismo año en el jardín botánico de Dijon. Las contaminaciones databan de 1876 para Meursault y 1877 para Dijon.

Las viñas americanas fueron introducidas fraudulentamente a partir de 1885 y oficialmente a partir del 12 de julio de 1887. Hubo que arrancar todas las viñas y replantar. Después de largas investigaciones, se terminó por descubrir que sólo el injerto permitiría a la vid resistir en presencia de la filoxera. El mildiu provocó un desastre considerable en 1910 con consecuencias sociales importantes. Sólo en vísperas de la Primera Guerra Mundial pudo el viñedo borgoñón reanudar su desarrollo.

El vino de Borgoña ha cambiado mucho durante los últimos 75 años. La depresión económica de los años 1930 fue seguida por la devastación que causó la Segunda Guerra Mundial. Después de la guerra, los viñadores regresaron a sus viñas descuidadas. Los terrenos y las vides habían sufrido y necesitaban desesperadamente ser nutridas. Comenzaron a fertilizar, saneando los viñedos. Los que pudieron permitírselo añadieron potasio, un elemento químico metálico de color blanco plateado que contribuye a un crecimiento vigoroso. A mediados de los años 1950, los suelos estaban equilibrados, las cosechas eran razonablemente bajas y los viñedos produjeron algunos de los más sorprendentes vinos del siglo.

Durante los siguientes 30 años, siguiendo el consejo de los expertos, siguieron utilizando fertilizantes químicos en sus viñedos, incluyendo el potasio. Cierta cantidad de potasio es natural en el suelo y bueno para el crecimiento de la planta, pero si se da en exceso, conlleva bajos niveles de acidez y acaba afectando negativamente la calidad del vino. Conforme se incrementaba la concentración de productos químicos en el suelo, crecían las cosechas. En la denominación Côte d’Or, por ejemplo, se pasó de 29 hectolitros por hectárea (media anual desde 1951 hasta 1960) a casi 48 hectolitros por hectárea (1982-91), de acuerdo con un estudio realizado por el INAO. Estas mayores cosechas produjeron vinos de menos sabor y concentración. El exceso de producto químico acabó en treinta años con el suelo que había contribuido a la reputación de Borgoña durante un milenio.

El periodo entre 1985 y 1995 fue decisivo para Borgoña. Durante este tiempo muchos dominios borgoñones renovaron sus esfuerzos en las viñas y gradualmente establecieron un nuevo modo de hacer vino. Todo esto llevó a vinos más profundos y complejos. Actualmente, la industria del vino de Borgoña está cosechando los beneficios de esos impresionantes esfuerzos